一般可以考虑协商优先，协商不成的应尽快提起诉讼。施工单位提起诉讼或者仲裁时，应当注意以下问题：

一、要及时提交竣工验收报告和竣工验收资料。

交付竣工资料是施工单位的法定义务，施工单位在提起诉讼或者仲裁前，一定要积极履行自己的义务，不要让自己本身存在违约行为，给对方有机可乘，也会给诉讼和仲裁造成不必要的麻烦。有的施工单位为了对抗建设单位的不予验收或不予结算，往往采取不交付竣工资料的手段来进行对抗，但这种做法是不可取的，因为如果施工单位不交付竣工资料，会存在以下问题：（1）不能证明该工程已经竣工；（2）不具备工程结算的前提条件；（3）还可能要向建设单位承担违约责任。与其如此，还不如早点提起诉讼或者仲裁，诉讼或者仲裁程序再慢，也比无限期的拖下去要快。

二、积极搜集工程资料，将案件的全部事实弄清。

施工单位想要起诉建设单位，就绝对不可以打无准备之仗，必须将工程施工的全部事实弄清。施工单位可以通过自己将合同签订情况、开工情况、各方项目部人员情况、变更签证情况、竣工验收情况、结算情况等都梳理清楚，也可以委托专业的建筑律师协助搜集证据和弄清全部事实。只有弄清事实，才可以将工程实际施工情况与合同进行对比，弄清各方的履约情况，确定具体的诉讼思路以及诉讼过程中可能产生的问题。

三、对案件进行法律分析，并制定详细的诉讼方案。

施工单位在准备起诉或仲裁前，应在梳理清楚全部事实的基础上，对该工程涉及到的全部法律问题进行逐个分析，同时分析可能会产生的后果，以做到心中有数并为制定详细的诉讼方案打好基础。在所有法律问题都分析清楚的基础上，制定相应的诉讼方案，确定起诉法院、起诉主体、诉讼请求、主张的案件事实、是否保全等问题。为诉讼提前做好计划，并按照诉讼方案进行诉讼，同时在发生问题时提前制定好相应的应对计划。由于施工单位的管理仍待提高，履约过程中势必会有一些瑕疵或者问题，那么在施工合同诉讼或仲裁的工程中，建设单位可能会揪着这些瑕疵或问题不放，可能会提起工期、质量、移交竣工资料和协助竣工备案、开具发票、工程索赔等反诉或反请求，以对抗施工单位的诉讼请求。因此，施工单位制定诉讼方案很有必要，只有这样才能做到有备无患、方寸不乱。

四、按照诉讼方案实施诉讼，尽可能进行财产保全。

制定详细的诉讼方案后，施工单位按照诉讼方案一步一步进行操作即可。在此过程中，施工单位要尽可能对建设单位进行财产保全，以保证案件胜诉后有财产可供执行。很多施工单位认为建设单位没有财产，冻结一个空的账户没有意义，但事实并非如此，因为只要建设单位的账户仍在使用，进行财产保全可以给其施加压力，而且在建设单位不知道账户已冻结的情况下，账户中会有资金汇入的可能性。