根据《民法典》第七百九十九条规定“建设工程验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接受该工程”所以支付工程价款的前提条件是工程验收合格。

发包人以工程质量有问题为由拒付工程款，在《诉讼法》上属于以抗辩的概念，主张实体法上的抗辩权。对该问题的处理应区分拒付工程款的时间段和工程质量问题的性质。

第一，如工程质量瑕疵发生在竣工验收前，发包人不得以此作为拒付到期工程款的理由。但是承包人确有不能履行合同义务之虞的，发包人可以主张不安抗辩权。

第二，工程质量经竣工验收合格，工程质量问题不能成为发包人拒付工程款的理由，发包人应按合同约定支付工程款。如果发包人确有证据证明工程质量存在瑕疵，应按工程质量保修的法律关系进行处理。

第三，工程质量经竣工验收不合格，应由承包人进行修复，修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人应按合同约定支付工程款，但修复费用应由承包人承担。

第四，修复后的建设工程经竣工验收不合格，发包人可行使先履行抗辩权，以此为由拒付工程款，承包人支付工程款的请求不会得到支持。

第五，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用，工程质量问题不能成为发包人拒付工程款的理由，发包人应按合同约定支付工程款。但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对基础工程和主体结构质量承担民事责任。